報關工作的全部程式分爲申報、查驗、徵稅、放行、結關五個階段。
（一）申報 進口貨物的收貨人、出口貨物的發貨人應當如實向海關申報，在貨物進出口時，應在海關規定的期限內，按海關規定的格式填寫進出口貨物報關單，隨附有關的貨運、商業單據，同時提供批准貨物進出口的證件，向海關申報。報關的主要單證有以下幾種： 
    進口貨物報關單。一般填寫一式二份（有的海關要求報關單份數爲三份）。報關單填報專案要準確、齊全、字迹清楚，不能用鉛筆；報關單內各欄目，凡海關規定有統計代號的，以及稅則號列及稅率一項，由報關員用紅筆填寫；每份報關單限填報四項貨物；如發現情況有無或其他情況需變更填報內容的，應主動、及時向海關遞交更改單。 出口貨物報關單。一般填寫一式兩份（有的海關要求三份）。填單要求與進口貨物報關單基本相同。如因填報有誤或需變更填報內容而未主動、及時更改的，出口報關後發生退關情況，報關單位應在三天內向海關辦理更正手續。 隨報關單交驗的貨運、商業單據。任何進出口貨物通過海關，都必須在向海關遞交以填好的報關單的同時，交驗有關的貨運和商業單據，接受海關審核諸種單證是否一致，並由海關審核後加蓋印章，作爲提取或發運貨物的憑證。隨報關單同時交驗的貨運和商業單據有：海運進口提貨單；海運出口裝貨單（需報關單位蓋章）；陸、空運運單；貨物的發票（其份數比報關單少一份，需報關單位蓋章等）；貨物的裝箱單（其份數與發票相等，需報關單位蓋章）等。需要說明的是如海關認爲必要，報關單位還應交驗貿易合同、定貨卡片、産地證明等。另外，按規定享受減、免稅或免驗的貨物，應在向海關申請並已辦妥手續後，隨報關單交驗有關證明文件。 
    進（出）口貨物許可證。進出口貨物許可證制度，是對進出口貿易進行管理的一種行政保護手段。我國與世界上大多數國家一樣，也採用這一制度對進出口貨物、物品實行全面管理。必須向海關交驗進出口貨物許可證的商品並不固定，而是由國家主管部門隨時調整公佈。凡按國家規定應申領進出口貨物許可證的商品，報關時都必須交驗由對外貿易管理部門簽發的進出口貨物許可證，並經海關查驗合格無誤後始能放行。但對外經濟貿易合作部所屬的進出口公司、經國務院批准經營進出口業務的個部位所屬的工貿公司、個省（直轄市、自治區）所屬的進出口公司，在批准的經營範圍內進出口商品，視爲以取得許可，免領進出口貨物許可證，只憑報關單即可向海關申報；只有在經營進出口經營範圍以外的商品時才需要交驗許可證。 
    檢驗檢疫制度：國家出入境檢驗檢疫局與海關總署從2000年1月1日起實施新的檢驗檢疫貨物通關制度，通關模式爲“先報驗，後報關”。同時出入境檢驗檢疫部門將啓用新的印、證書。 
    新的檢驗檢疫制度對原衛檢局、動植物局、商檢局進行“三檢合一”，全面推 行“一次報檢、一次取樣，一次檢驗檢疫，一次衛生除害處理，一次收費，一次發證放行”的工作規程和“一口對外”的國際通用的新的檢驗檢疫模式。而從2000年1月1日起，對實施進出口檢疫的貨物啓用“入境貨物通關單”和“出境貨物通關單”，並在通關單上加蓋檢驗檢疫專用章，對列入《出入境檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫的進出口商品目錄》範圍內的進出口貨物（包括轉關運輸貨物），海關一律憑貨物報關地出入境檢驗檢疫局簽發的“入境貨物通關單”或“出境貨物通關單”驗放，取消原“商檢、動植檢、衛檢”以放行單、證書及在報關單上加蓋放行章通關的形式。
同時， 正式啓用出入境檢驗檢疫證書，原來以“三檢”名義對外簽發的證書自2000年4月1日 起一律停止使用。 同時，從2000年起對外簽訂合同、信用證時都要按新制度辦事。 海關要求報關單位出具“入境貨物通關單”或“出境貨物通關單”，一方面是監督法定檢驗商品是否已經接受法定的商檢機構檢驗；另一方面是取得進出口商品徵稅、免稅、減稅的依據。根據《中華人民共和國進出口商品檢驗法》以及《商檢機構實施檢驗的進出口商品種類表》規定，凡列入《種類表》的法定檢驗的進出口商品，均應在報關前向商品檢驗機構報驗。報關時，對進出口商品，海關憑商檢機構簽發的“入境貨物通關單”和“出境貨物通關單”進口貨物報關單上加蓋的印章驗收。 除上述單證外，對國家規定的其他進出口管制貨物，報關單位也必須向海關提交由國家主管部門簽發的特定的進出口貨物批准單證，由海關查驗合格無誤後再予以放行。諸如藥品檢驗，文物出口簽定，金銀及其製品的管理，珍貴稀有野生動物的管理，進出口射擊運動、狩獵用槍支彈藥和民用爆破物品的管理，進出口音像製品的管理等均屬此列。

（二）查驗 進出口貨物在通過申報環節後，即進入查驗環節。
    進出口貨物除按照國家規定、國際慣例以及經海關總署特准的可以免驗以外，均應當接受海關查驗。查驗是海關對進出口貨物實施監管的一種具體行爲。即通過對進出口貨物進行實際的核查，確定單貨、證貨是否相符，有無瞞報、僞報和申報不實等走私違規行爲，並爲今後的徵稅、統計和後續管理提供可靠的監管依據。
1、海關查驗的定義 查驗是指海關依法爲確定進出境貨物的品名、規格、成份、原産地、貨物狀態、數量和價格是否與貨物申報內容相符,對貨物進行實際檢查的行政執法行爲。 
2、海關查驗的操作程式
1） 海關確定查驗後，由現場接單關員列印《查驗通知單》，必要時製作查驗關封交報關員。 
2） 安排查驗計劃。由現場海關查驗受理崗位安排查驗的具體時間，一般當天安排第二天的查驗計劃。 
3） 海關查驗貨物時，進口貨物的收貨人、出口貨物的發貨人或其授權報關員應當到場，並負責協助搬移貨物，開拆和重封貨物的包裝。海關認爲必要時，可以徑行開驗、複驗或者提取貨樣。 
4） 查驗結束後，由陪同人員在《查驗記錄單》上簽名、確認。
3、海關查驗的方法 
1） 徹底檢查，即對貨物逐件開箱（包）查驗，對貨物品種、規格、數量、重量、原産地貨物狀況等逐一與貨物申報單詳細核對。 
2） 抽查，即按一定比例對貨物有選擇地開箱（包）查驗。對集裝箱抽查，必須卸貨。卸貨程度和開箱（包）比例以能夠確定貨物的品名、規格、數量、重量等查驗指令的要求爲准。
3） 外形查驗，對貨物的包裝、標記嘜頭等進行驗核。外形查驗只能適用於對大型機器、大宗原材料等不易搬運、移動，但堆放整齊比較直觀的貨物。
4、海關查驗的時間承諾 查驗部門自查驗受理起，到實施查驗結束、反饋查驗結果最多不得超過48小時，出口貨物應於查驗完畢後半個工作日內予以放行。查驗過程中，發現有涉嫌走私、違規等情事的，不受此時限限制。 （三）徵稅 徵稅是指海關根據國家的有關政策、法規對進出口貨物徵收關稅及進口環節的稅費（海關代徵稅）。
1．稅則歸類：稅則歸類就是將出口貨物按照《海關進出口稅則》的歸類總規則歸入適當的稅則編號，以確定其適用的稅率。 
2．稅率的運用：關稅、進口環節稅（增值稅、消費稅、船泊噸稅） 
（１）關稅稅率 《海關進出口稅則》中的關稅進口稅率有普通稅率和優惠稅率兩欄。出口稅率只有一種。根據《進出口關稅條例》第六條規定，對原産於與中華人民共和國未訂有關稅互惠協定的國家或者地區的進口貨物，按照普通稅率徵稅，對原産於與中華人民共和國訂有關稅互惠協定的國家或地區的進口貨物，按照優惠稅率徵稅。對原産於對我國出口貨物徵收歧視性關稅或者給予其他歧視性待遇的國家或者地區的進口貨物，可以徵收特別關稅。　（２）進口環節稅稅率 　目前，海關在進口環節代國家其他部門徵收的進口環節稅有增值稅、消費稅和船舶噸稅。 增值稅率有兩種，進口貨物除糧食、食用植物油、自來水、暖氣、冷氣、熱水、煤氣、石油液化氣、沼氣、居民用煤炭製品、圖書、報紙、雜誌、飼料、化肥、農藥、農機、農膜和國務院規定的其他貨物的稅率爲１３％以外，其餘的貨物的稅率均爲１７％。出口貨物稅率爲零。但是，國務院另有規定的除外。 消費稅按不同商品設置不同稅目稅率。我國目前僅限於對煙、酒等１１類消費品徵收消費稅，其中稅率最低爲３％，最高爲４５％。 船舶噸稅是對進出我國港口的外國籍船舶徵收的一種使用稅。我國船舶噸稅有一般噸稅的優惠噸稅兩欄稅率，其稅率是以噸位數規定的定額稅率，按船舶的淨噸位大小進行計征。 
3． 完稅價格的審定 完稅價格是指海關按照《海關法》和《進出口關稅條例》的有關規定，憑以計算應徵關稅的進出口貨物的價格。 進口貨物以海關審定的成交價格爲基礎的到岸價格爲完稅價格。 出口貨物以海關審定的貨物售予境外的離岸價格，扣除出口稅後作爲完稅價格。離岸價格不能確定的，由海關估定。 
4． 稅費的計算
（１）關稅 進口關稅＝完稅價格＊完稅稅率 出口關稅＝完稅價格＊出口稅率 
（２）增值稅 進口增值稅＝（關稅完稅價格＋關稅稅額＋消費稅額）＊增值稅率 
（３）進口消費稅 從價消費稅額＝（關稅價格＋關稅）／（１－消費稅稅率）＊消費稅率 從量消費稅額＝應稅消費品數量＊消費稅單位稅額 完稅價格計算到元爲止，元以下四捨五入，稅費額計算到分爲止，分以下四捨五入。 稅、費額的起征點均在人民幣１０元。人民幣１０元以下的免征。
5．原産地規則：
     指的是確定進出口産品或製造國家（或地區）的標準與方法。進口産品的原産地或製造地將該産品適用哪種關稅稅率。
6．稅費的繳納： 
（１）繳納期限 對經海關審定應徵關稅、增值稅、消費稅和監管手續費、船舶噸稅的貨物或船舶。納稅義務人應當在海關填發稅費款繳納證的次日起七日內（星期六、星期日和法定節日除外），向指定銀行繳納稅費款。
（２）匯率 進出口貨物如果是外幣計算成交的，由海關按照填發稅款繳納證之日國家外匯管理公佈的《人民幣外匯牌價表》未列入的外幣，按照國家外匯管理部門確定的外匯率折合人民幣。
（３）滯納金 滯納金額＝（關稅額＋增值稅、消費稅應稅額）＊滯納天數＊１‰ 
（４）上海海關稅費繳納程式： 按照關稅條例對進出口貨物關稅繳納的有關規定，進出口貨物的收發貨人或者其代理人，應當在海關填發稅款繳納證的次日起7日內（法定節假日除外），向指定銀行繳納稅款。
    A、稅款繳納證的填發 稅款繳納證一式六聯，由海關填發，一至五聯經加蓋“中華人民共和國x x海關單證專用章”後，交繳款單位送其開戶銀行將應繳稅款劃繳金庫。第六聯（存根聯）由填發海關保存備查。 
    B、滯納金的繳納 納稅業務人如不能按海關規定的繳款期限繳納稅款的，應按日加收欠繳稅款1%的滯納金，滯納金的起征點是人民幣10元。 
    C、對外電話： 上海海關關稅處綜合科 63232410*6414、6415 7. 上海海關退稅手續： 進出口貨物的收發貨人或者其代理人申請退稅，應向原徵稅海關的徵稅部門提出申請，並交驗下列單證： 
    1、《退稅申請書》兩份；
    2、銀行簽章的原貨物稅款繳納書； 
    3、其他必要的單證。
    4、對外電話： 上海海關關稅處綜合科 63232410*6414、6470 8.關稅的減免 

（四）放行 
    放行是口岸海關監管現場作業的最後一個環節。口岸海關在接受進出口貨物的申報後，經過審核報關單據、查驗實際貨物，並依法辦理了徵收貨物稅費手續或減免稅手續後，在有關單據上簽蓋放行章，海關的監管行爲結束，在這種情況下，放行即爲結關。進出口貨物可由收貨人憑以提取、發運，出口貨物可以由發貨人裝船、啓運。 
    對於保稅加工貿易進口貨物，經海關批准減免稅或緩納稅款的進口貨物、暫時進出口貨物、轉關運輸貨物以及其他口岸海關未繳納稅款的進口貨物，口岸海關接受申報以後，經審核單證，符合規定的，即可以放行轉爲後續管理。     另外，進出口貨物因各種原因需海關特殊處理的，可向海關申請擔保放行。海關對擔保的範圍和方式均有明確的規定。

（五）結關 
    結關是指對經口岸放行後仍需繼續實施管理的貨物，海關在固定的期限內進行核查，對需要補證、補稅貨物作出處理直至完全結束海關監管的工作程式。 
    加工貿易進口貨物的結關：是指海關在加工貿易合同規定的期限內對其進口、複出口及餘料情況進行核對，並經經營單位申請辦理了經批准內銷部分的貨物的補證、補稅手續，對備案的加工貿易手冊予以銷案。 
暫時進出口貨物的結關：是指在海關規定的期限內（含經批准延期的）暫時進口貨物複運出口或者暫時出口貨物複運進口，並辦理了有關納稅銷案手續，完全結束海關監管的工作程式。
特定減免稅貨物的結關：是指有關進口貨物到達海關監管年限並向海關提出解除監管申請，領取了經主管海關核發的《海關對減免稅進出口湖物接觸監管證明》，完全結束海關監管的工作程式。